Pseudomonas
Les bactéries du genre Pseudomonas peuvent être définies par ...
Les bactéries du genre Pseudomonas peuvent être définies par :
- Bacilles à Gram négatif, oxydase + ;
- Aérobies stricts ;
- Dégradant le glucose par respiration aérobie ou inerte vis-à-vis du glucose. Ils n'attaquent pas les sucres ou les attaquent par voie oxydative et non fermentative ;
- Généralement mobiles par ciliature polaire ;
- Peu strictes, cultivant à 30 °C.
Ce genre comprend plus d'une centaine d'espèces ubiquitaires (dont l'espèce-type est Pseudomonas æruginosa le plus souvent dénommé Bacille pyocyanique) cependant de nombreuses espèces sont en cours d'exclusion (de part les progrès de la phylogénétique) et diminuer leur nombre à une soixantaine d'espèces.
Habitat
Ces bactéries, beaucoup répandues dans l'environnement, vivent dans le sol et l'eau. Elles se retrouvent sur les plantes, dans les matières organiques non vivantes (denrées alimentaires), entraînant, quelquefois, leur altération organoleptique.
Elles se rencontrent chez l'homme ou l'animal, au niveau des fosses nasales. Elles forment, pour la majorité, une flore commensale. Certaines jouent un rôle pathogène :
- Chez les plantes (quelques espèces, dont Pseudomonas syringæ, dont une souche tue de jeunes marronniers par milliers depuis le début des années 2000)
- Chez l'homme et l'animal (avec essentiellement Pseudomonas æruginosa)
Elles occupent des niches écologiques variées, mais se retrouvent surtout dans les milieux humides tels que les eaux douces, les eaux de mer, les eaux thermales. Elles se retrouvent en plus petite quantité dans les eaux riches en matières organiques (en particulier les eaux stagnantes) conséquence de la compétition entre microorganismes où les Pseudomonas ne sont pas les plus performants.
Dans les habitations humaines, elles se retrouvent dans les siphons d'évier et les réservoirs d'eaux de pluie qui, quand qu'elles sont utilisées pour l'arrosage des plantes, peuvent provoquer des maladies sur les plantes surtout les fleurs (pour les espèces phytopathogènes).
Rôle pathogène
Chez l'homme, l'espèce Pseudomonas æruginosa (appelé aussi bacille pyocyanique) intervient souvent comme pathogène opportuniste. Elle se retrouve en flore de transit sur la peau et les muqueuse et cause des surinfections de plaies ou brûlures. Chez des individus immunodépressifs elle peut être la cause de diverses infections cutanées et viscérales ou alors même de septicémie. Elle comporte un risque spécifiquement élevé d'infections nosocomiales (contractées par l'intermédaire de soins en milieu hospitalier).
Les autres germes sont peu agressifs par eux-mêmes mais se comportent généralement comme germes "opportunistes" profitant de conditions anormales d'implantation chez des individus débilités, créant des flores de substitution ou des infections graves par introduction accidentelle dans l'organisme (cathétérismes, baxter, sondages, etc... ). Leur rôle a acquis plus d'importance au cours des dernières années, en particulier en milieu hospitalier.
Aspect : Les Pseudomonas sont des bacilles Gram négatifs fins droits et particulièrement mobiles grâce à un flagelle polaire : ciliature monotriche, dépourvus de spores et de capsules.
Groupement : Ils apparaissent la majorité du temps isolés ou en diplobacilles.
Les Pseudomonas sont des germes peu stricts, l'immense majorité des espèces n'exigent aucun facteur de croissance et sont capables d'utiliser comme seule source de carbone et d'énergie un large spectre de substrats carbonés simples et variés.
Ils se développent sur l'ensemble des milieux usuels, même les plus simples.
Il possèdent aussi une grande tolérance dans les gammes de température environnante, quoiqu'ayant une température optimale de croissance localisée entre 30 et 35°C (mésophile), elles sont capables de pousser à des températures entre 4 et 42°C en ralentissant leur métabolisme. Leur croissance n'est par conséquent pas complètement entravée par les locaux réfrigérés et les incubateurs.
Elle résistent à de nombreux inhibiteurs bactériens, en particulier aux agents chimiques. Elles continuent leur développement des certaines solutions antiseptiques (surtout le cétrimide) et sont résistantes à de nombreux antibiotiques.
Milieux de cultures utilisés
- Milieux non sélectifs
- Milieux sélectifs
Gen | Espèce | Subtype | Oxydase | 42° thérmophile | 4° cryophile | KingF (pour Fluoresceine = Pyoverdine) | KingP (pour Pyocyanine) | Pigment | Poly-Beta-Hydroxy-Butyrate | Mobilité | ADH = L-Arginin DeHydrogenase | NO3 Nitrate réductase > Nitrites (rouge) | Gélatinase = Collagénase | Amylose = Amidon Hydrolase | Lécithinase sur Jaune d'œuf (Réaction au) | Lipase = Tween80 hydrolyse | NO2 > N2 | Cathécol ortho-clivage | Procathénuate orto-clivage | Procathénuate méta-clivage | Lévane (méta-clivage) production à partir du sucrose | D-Glucose assimilation | D-Tréhalose assimilation | Sucrose assimilation | Propionate assimilation | Butyrate assimilation | D-Sorbitol assimilation | Adonitol assimilation | Méso-Inositol assimilation | Géraniol assimilation | L-Valine assimilation | D-Alanine assimilation | L-Arginine assimilation | Arginina | Bila-Esculin Hydrolyse = (beta-glucosidase) | Citrate (de Simmons) | Citrate trisodique assimilation | D-Glucose fermentation | D-Glucose assimilation |
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Pseudomonas | sp | 0, 99 | 0, 9 | -0, 68 | -1 | -1 | -1 | -0, 86 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | æruginosa | 0, 97 | 0, 9 | -1 | 0, 9 | 0, 9 | pyomélanine = brun noir ou acajou; pyorubine = æruginosine A=rouge de nature phénazinique | -1 | 0, 94 | 0, 7 | 0, 92 | 0, 84 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 98 | -1 | -1 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -1 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 1 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 98 | 0, 98 | -0, 38 | 0, 98 | |||
Pseudomonas | fluorescens | I | 0, 99 | -1 | 0, 98 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 1 | 0, 35 | -0, 46 | 0, 4 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 98 | 1 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 01 | 0, 01 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 98 | 0, 98 | -0, 75 | 0, 98 | ||
Pseudomonas | putida | 0, 98 | -1 | 0, 7 | 0, 7 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 1 | 0, 76 | -0, 94 | -1 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 2 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -1 | -0, 6 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 7 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -1 | 0, 98 | -0, 8 | 0, 9 | |||
Pseudomonas | agarici | sans intérêt médical, phytopato | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | alcaligenes | sans intérêt médical | 0, 97 | 0, 9 | -1 | -0, 9 | -0, 9 | jaune-orange (caroténoide) | -0, 9 | 0, 9 | 0, 2 | 0, 7 | -0, 01 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 2 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 8 | -1 | 0, 9 | 0, 2 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 2 | 0, 9 | -1 | 0, 2 | -1 | -0, 8 | |||||||
Pseudomonas | amygdali | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | anguiliseptica | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | asplenii | sans intérêt médical, phytopato | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | balearica | 0, 99 | 0, 9 | -0, 48 | 0, 9 | -0, 98 | -1 | 1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0, 5 | ||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | caricapapayæ | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | -0, 48 | 0, 9 | -0, 98 | -1 | 1 | 1 | 1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0, 5 | |||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | chlororaphis | sans intérêt médical | 0, 99 | -1 | 0, 7 | 0, 2 | -0, 9 | chlororaphine (pigm phénazinique) verte = réduite et jaune = oxydée | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | |||||
Pseudomonas | cichorii | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | citronellolis | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | coronafaciens | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | corrugata | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | ficuserectæ | sans intérêt médical, phytopato | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | flavescens | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | fragi | sans intérêt médical, sur viande avariée | 0, 99 | 0, 9 | -0, 9 | -1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | fuscovaginæ | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | lundunensi | sans intérêt médical, psychrotrophe isolé du viande | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | marginalis | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | meliæ | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | mendocina | col pigm brun-jaune = pigment caroténoide intracellulaire | 0, 99 | 0, 9 | -1 | -0, 9 | -0, 9 | jaune-orange (caroténoide) | -0, 9 | 0, 9 | 0, 88 | 1 | -1 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -1 | 0, 9 | 0, 9 | -1 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -1 | 1 | -0, 01 | 0, 9 | ||||||
Pseudomonas | mucidolens | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | oleovorans | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | stutzeri | ubiquitaire | 0, 99 | 0, 9 | -1 | -0, 9 | -0, 9 | -, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -0, 98 | 0, 88 | -0, 21 | -0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 96 | -1 | 0, 2 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -1 | 0, 7 | 0, 21 | 0, 96 | |||||
Pseudomonas | pseudoalcaligenes | 0, 99 | 0, 9 | -1 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 2 | 0, 9 | 0, 7 | 0, 2 | 0, 2 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 2 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 2 | 0, 9 | -1 | -0, 9 | ||||||||||
Pseudomonas | resinovorans | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | savastanoi | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | 1 | -1 | 1 | -1 | 0, 44 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | stanieri | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | rhodesiæ | dans les eaux minérales | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | jessenii | dans les eaux minérales | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | mandelii | dans les eaux minérales | 0, 99 | 0, 9 | -0, 48 | -0, 9 | -0, 98 | -1 | 1 | 1 | -1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0, 5 | |||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | gessardii | dans les eaux minérales | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | migulaï | dans les eaux minérales | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | libanensis | dans les eaux de source libanaises | 0, 99 | 0, 9 | 0, 3 | -1 | 1 | 1 | -1 | -1 | -1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | cedrella | dans les eaux de source libanaises | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | orientalis | dans les eaux de source libanaises | 0, 99 | 0, 9 | -0, 9 | 1 | 1 | -1 | -1 | 1 | 1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | syringæ | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | avellanæ | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | -0, 48 | 0, 9 | -0, 98 | -1 | -1 | 1 | 1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0, 5 | |||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | tætrolens | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | tolaasii | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | viridiflava | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | aureofaciens | sans intérêt médical | 0, 99 | -1 | 0, 7 | 0, 9 | -0, 9 | orange = phénazine-1-carboxylate | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 48 | 0, 9 | -0, 98 | 0, 2 | 0, 2 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 2 | 0 | 0, 2 | 1 | -0, 5 | -1 | -1 | 1 | -1 | 1 | 0, 01 | 1 | 0, 5 | 0, 2 | ||||
Pseudomonas | sacharophila | sans intérêt médical | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | veronii | dans les eaux minérales | 0, 99 | 0, 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | tomato | 0, 99 | 0, 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | glycinea | 0, 99 | 0, 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | phaseolicola | 0, 99 | 0, 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pseudomonas | fluorescens | II | 0, 99 | -1 | 0, 98 | 0, 1 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 46 | 0, 6 | -0, 9 | 0, 3 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 1 | 1 | -1 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 98 | 0, 98 | -0, 75 | 0, 9 | ||
Pseudomonas | fluorescens | III | 0, 99 | -1 | 0, 98 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 46 | -0, 22 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 1 | -0, 9 | 0, 1 | 0, 1 | 0, 1 | 0, 1 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 98 | 0, 98 | -0, 75 | 0, 9 | ||
Pseudomonas | fluorescens | IV | 0, 99 | -1 | 0, 98 | 0, 9 | -0, 9 | -, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 46 | 0, 9 | -0, 89 | 0, 9 | 0, 1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 1 | 1 | 1 | -0, 98 | 0, 98 | -0, 75 | 0, 9 | ||
Pseudomonas | fluorescens | V | 0, 99 | -1 | 0, 5 | 0, 1 | -0, 9 | -, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 46 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 1 | 0, 1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 98 | 1 | 0, 1 | 0, 9 | 0, 1 | 0, 1 | 0, 2 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -0, 98 | 0, 98 | -0, 75 | 0, 98 | ||
Pseudomonas | monteilli | 0, 99 | -1 | -0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | -0, 9 | 0, 9 | -1 | -0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | -0, 9 | -1 | 0, 9 | 0, 9 | 0, 9 | 1 | 0, 9 | |||||||||||
Métabolisme
Toutes les espèces possèdent une oxydase.
La dégradation du glucose s'effectue par la voie d'Entner-Doudoroff, cette propriété est mise en évidence sur milieu Hugh-Leifson. Ils possèdent souvent une arginine dihydrolase donnant la possibilité la dégradation de l'arginine en anaérobiose.
Certaines espèces peuvent extraire l'oxygène libéré par la réduction des nitrates en azote, et ainsi croître en anaérobiose ; on parle alors de "Respiration nitrate".
Production de pigments
De nombreux représentants de ce genre produisent un pigment. Voici ceux utilisés pour l'identification :
- La pyocyanine, pigment bleu - vert phénazinique, il est soluble dans le chloroforme et l'eau et est spécifique de P. æruginosa.
- La pyoverdine, vert fluorescent, soluble dans l'eau synthétisé par les Pseudomonas du groupe fluorescent.
Espèces appartenant au genre Pseudomonas
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Liste des espèces qui devraient être exclues du genre Pseudomonas :
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- (fr) L P S N
- (fr) Thèse Diversité fonctionnelle des Pseudomonas producteurs d'antibiotiques dans les rhizosphères de conifères en pépinières et en milieu naturel, par Mathieu Allaire, mai 2005.
- (en) http ://www. genome. jp/kegg-bin/KEGG_Genome_map_top. pl?org_id=pæ Génome de Pseudomonas æruginosa PAO1 (pointer sur la barre grise) ]
Littérature :
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