Pseudomonas

Les bactéries du genre Pseudomonas peuvent être définies par :

• Bacilles à Gram négatif, oxydase + ;
• Aérobies stricts ;
• Dégradant le glucose par respiration aérobie ou inerte vis-à-vis du glucose. Ils n'attaquent pas les sucres ou les attaquent par voie oxydative et non fermentative ;
• Généralement mobiles par ciliature polaire ;
• Peu strictes, cultivant à 30 °C.

Ce genre comprend plus d'une centaine d'espèces ubiquitaires (dont l'espèce-type est Pseudomonas æruginosa le plus souvent dénommé Bacille pyocyanique) cependant de nombreuses espèces sont en cours d'exclusion (de part les progrès de la phylogénétique) et diminuer leur nombre à une soixantaine d'espèces.

Habitat

Ces bactéries, beaucoup répandues dans l'environnement, vivent dans le sol et l'eau. Elles se retrouvent sur les plantes, dans les matières organiques non vivantes (denrées alimentaires), entraînant, quelquefois, leur altération organoleptique.

Elles se rencontrent chez l'homme ou l'animal, au niveau des fosses nasales. Elles forment, pour la majorité, une flore commensale. Certaines jouent un rôle pathogène :

• Chez les plantes (quelques espèces, dont Pseudomonas syringæ, dont une souche tue de jeunes marronniers par milliers depuis le début des années 2000)
• Chez l'homme et l'animal (avec essentiellement Pseudomonas æruginosa)

Elles occupent des niches écologiques variées, mais se retrouvent surtout dans les milieux humides tels que les eaux douces, les eaux de mer, les eaux thermales. Elles se retrouvent en plus petite quantité dans les eaux riches en matières organiques (en particulier les eaux stagnantes) conséquence de la compétition entre microorganismes où les Pseudomonas ne sont pas les plus performants.

Dans les habitations humaines, elles se retrouvent dans les siphons d'évier et les réservoirs d'eaux de pluie qui, quand qu'elles sont utilisées pour l'arrosage des plantes, peuvent provoquer des maladies sur les plantes surtout les fleurs (pour les espèces phytopathogènes).

Rôle pathogène

Chez l'homme, l'espèce Pseudomonas æruginosa (appelé aussi bacille pyocyanique) intervient souvent comme pathogène opportuniste. Elle se retrouve en flore de transit sur la peau et les muqueuse et cause des surinfections de plaies ou brûlures. Chez des individus immunodépressifs elle peut être la cause de diverses infections cutanées et viscérales ou alors même de septicémie. Elle comporte un risque spécifiquement élevé d'infections nosocomiales (contractées par l'intermédaire de soins en milieu hospitalier).

Les autres germes sont peu agressifs par eux-mêmes mais se comportent généralement comme germes "opportunistes" profitant de conditions anormales d'implantation chez des individus débilités, créant des flores de substitution ou des infections graves par introduction accidentelle dans l'organisme (cathétérismes, baxter, sondages, etc... ). Leur rôle a acquis plus d'importance au cours des dernières années, en particulier en milieu hospitalier.

Morphologie microscopique

Aspect : Les Pseudomonas sont des bacilles Gram négatifs fins droits et particulièrement mobiles grâce à un flagelle polaire : ciliature monotriche, dépourvus de spores et de capsules.

Groupement : Ils apparaissent la majorité du temps isolés ou en diplobacilles.

Conditions de culture

Les Pseudomonas sont des germes peu stricts, l'immense majorité des espèces n'exigent aucun facteur de croissance et sont capables d'utiliser comme seule source de carbone et d'énergie un large spectre de substrats carbonés simples et variés.
Ils se développent sur l'ensemble des milieux usuels, même les plus simples.

Il possèdent aussi une grande tolérance dans les gammes de température environnante, quoiqu'ayant une température optimale de croissance localisée entre 30 et 35°C (mésophile), elles sont capables de pousser à des températures entre 4 et 42°C en ralentissant leur métabolisme. Leur croissance n'est par conséquent pas complètement entravée par les locaux réfrigérés et les incubateurs.

Elle résistent à de nombreux inhibiteurs bactériens, en particulier aux agents chimiques. Elles continuent leur développement des certaines solutions antiseptiques (surtout le cétrimide) et sont résistantes à de nombreux antibiotiques.

Milieux de cultures utilisés

• Milieux non sélectifs
  • Gélose ordinaire
  • Gélose BCP
  • Eau peptonée
• Milieux sélectifs
  • Gélose cétrimide
  • Milieu de King A
  • Milieu de King B

Titre du tableau

Gen	Espèce	Subtype	Oxydase	42° thérmophile	4° cryophile	KingF (pour Fluoresceine = Pyoverdine)	KingP (pour Pyocyanine)	Pigment	Poly-Beta-Hydroxy-Butyrate	Mobilité	ADH = L-Arginin DeHydrogenase	NO3 Nitrate réductase > Nitrites (rouge)	Gélatinase = Collagénase	Amylose = Amidon Hydrolase	Lécithinase sur Jaune d'œuf (Réaction au)	Lipase = Tween80 hydrolyse	NO2 > N2	Cathécol ortho-clivage	Procathénuate orto-clivage	Procathénuate méta-clivage	Lévane (méta-clivage) production à partir du sucrose	D-Glucose assimilation	D-Tréhalose assimilation	Sucrose assimilation	Propionate assimilation	Butyrate assimilation	D-Sorbitol assimilation	Adonitol assimilation	Méso-Inositol assimilation	Géraniol assimilation	L-Valine assimilation	D-Alanine assimilation	L-Arginine assimilation	Arginina	Bila-Esculin Hydrolyse = (beta-glucosidase)	Citrate (de Simmons)	Citrate trisodique assimilation	D-Glucose fermentation	D-Glucose assimilation
Pseudomonas	sp		0, 99							0, 9	-0, 68													-1			-1	-1										-0, 86
Pseudomonas	æruginosa		0, 97	0, 9	-1	0, 9	0, 9	pyomélanine = brun noir ou acajou; pyorubine = æruginosine A=rouge de nature phénazinique	-1	0, 94	0, 7	0, 92	0, 84	-0, 9	-0, 9	0, 1	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 98	-1	-1	0, 9	0, 9	-0, 9	-1	-0, 9	0, 9	0, 1	0, 9	0, 9		-0, 98		0, 98	-0, 38	0, 98
Pseudomonas	fluorescens	I	0, 99	-1	0, 98	0, 9	-0, 9	-0, 9	-0, 9	1	0, 35	-0, 46	0, 4	-0, 9	0, 9	0, 1	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 98	1	0, 9	0, 9	-0, 9	0, 01	0, 01	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9		-0, 98		0, 98	-0, 75	0, 98
Pseudomonas	putida		0, 98	-1	0, 7	0, 7	-0, 9	-0, 9	-0, 9	1	0, 76	-0, 94	-1	-0, 9	-0, 9	0, 2	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 9	-1	-0, 6	0, 9	0, 9	-0, 7	-0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9		-1		0, 98	-0, 8	0, 9
Pseudomonas	agarici	sans intérêt médical, phytopato	0, 99							0, 9
Pseudomonas	alcaligenes	sans intérêt médical	0, 97	0, 9	-1	-0, 9	-0, 9	jaune-orange (caroténoide)	-0, 9	0, 9	0, 2	0, 7	-0, 01	-0, 9	-0, 9	0, 2	0, 9				-0, 9	-0, 8	-1		0, 9	0, 2	-0, 9		-0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 2	0, 9		-1		0, 2	-1	-0, 8
Pseudomonas	amygdali	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	anguiliseptica	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	asplenii	sans intérêt médical, phytopato	0, 99							0, 9
Pseudomonas	balearica		0, 99							0, 9		-0, 48	0, 9	-0, 98			-1												1	-1	1	1	1			0, 5
Pseudomonas	caricapapayæ	sans intérêt médical	0, 99							0, 9		-0, 48	0, 9	-0, 98			-1								1	1			1	-1	1	1	1			0, 5
Pseudomonas	chlororaphis	sans intérêt médical	0, 99	-1	0, 7	0, 2	-0, 9	chlororaphine (pigm phénazinique) verte = réduite et jaune = oxydée	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	1	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9						0, 9
Pseudomonas	cichorii	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	citronellolis	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	coronafaciens	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	corrugata	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	ficuserectæ	sans intérêt médical, phytopato	0, 99							0, 9
Pseudomonas	flavescens	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	fragi	sans intérêt médical, sur viande avariée	0, 99							0, 9			-0, 9			-1									1	1					1	1	1
Pseudomonas	fuscovaginæ	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	lundunensi	sans intérêt médical, psychrotrophe isolé du viande	0, 99							0, 9
Pseudomonas	marginalis	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	meliæ	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	mendocina	col pigm brun-jaune = pigment caroténoide intracellulaire	0, 99	0, 9	-1	-0, 9	-0, 9	jaune-orange (caroténoide)	-0, 9	0, 9	0, 88	1	-1	-0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9			-0, 9	0, 9	-1		0, 9	0, 9	-1		-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9	0, 9		-1		1	-0, 01	0, 9
Pseudomonas	mucidolens	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	oleovorans	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	stutzeri	ubiquitaire	0, 99	0, 9	-1	-0, 9	-0, 9	-, 9	-0, 9	0, 9	-0, 98	0, 88	-0, 21	-0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9		-0, 9	0, 96	-1		0, 2	0, 9	-0, 9		-0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9		-1		0, 7	0, 21	0, 96
Pseudomonas	pseudoalcaligenes		0, 99	0, 9	-1	-0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 2	0, 9	0, 7	0, 2	0, 2	-0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 9				-0, 9	-0, 9	-1		0, 9	0, 9	0, 2		-0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 2	0, 9					-1	-0, 9
Pseudomonas	resinovorans	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	savastanoi	sans intérêt médical	0, 99							0, 9		1	-1	1			-1																			0, 44
Pseudomonas	stanieri	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	rhodesiæ	dans les eaux minérales	0, 99							0, 9
Pseudomonas	jessenii	dans les eaux minérales	0, 99							0, 9
Pseudomonas	mandelii	dans les eaux minérales	0, 99							0, 9		-0, 48	-0, 9	-0, 98			-1								1	1			-1	-1	1	1	1			0, 5
Pseudomonas	gessardii	dans les eaux minérales	0, 99							0, 9
Pseudomonas	migulaï	dans les eaux minérales	0, 99							0, 9
Pseudomonas	libanensis	dans les eaux de source libanaises	0, 99							0, 9			0, 3			-1									1	1			-1	-1	-1		1
Pseudomonas	cedrella	dans les eaux de source libanaises	0, 99							0, 9
Pseudomonas	orientalis	dans les eaux de source libanaises	0, 99							0, 9			-0, 9			1										1			-1	-1	1	1	-1
Pseudomonas	syringæ	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	avellanæ	sans intérêt médical	0, 99							0, 9		-0, 48	0, 9	-0, 98		-1	-1								1				1	-1	1	1	1			0, 5
Pseudomonas	tætrolens	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	tolaasii	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	viridiflava	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	aureofaciens	sans intérêt médical	0, 99	-1	0, 7	0, 9	-0, 9	orange = phénazine-1-carboxylate	-0, 9	0, 9	0, 9	-0, 48	0, 9	-0, 98	0, 2	0, 2	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 2	0	0, 2	1	-0, 5	-1	-1	1	-1	1	0, 01	1			0, 5			0, 2
Pseudomonas	sacharophila	sans intérêt médical	0, 99							0, 9
Pseudomonas	veronii	dans les eaux minérales	0, 99							0, 9
Pseudomonas	tomato		0, 99							0, 9
Pseudomonas	glycinea		0, 99							0, 9
Pseudomonas	phaseolicola		0, 99							0, 9
Pseudomonas	fluorescens	II	0, 99	-1	0, 98	0, 1	-0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	-0, 46	0, 6	-0, 9	0, 3	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	1	0, 9	0, 9	0, 1	1	-1	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9		-0, 98		0, 98	-0, 75	0, 9
Pseudomonas	fluorescens	III	0, 99	-1	0, 98	0, 9	-0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	-0, 46	-0, 22	-0, 9	0, 9	0, 1	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 9	1	-0, 9	0, 1	0, 1	0, 1	0, 1	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	0, 9		-0, 98		0, 98	-0, 75	0, 9
Pseudomonas	fluorescens	IV	0, 99	-1	0, 98	0, 9	-0, 9	-, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	-0, 46	0, 9	-0, 89	0, 9	0, 1	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	1	0, 9	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9	-0, 9	1	1	1		-0, 98		0, 98	-0, 75	0, 9
Pseudomonas	fluorescens	V	0, 99	-1	0, 5	0, 1	-0, 9	-, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	-0, 46	0, 9	-0, 9	0, 1	0, 1	0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 98	1	0, 1	0, 9	0, 1	0, 1	0, 2	0, 9	-0, 9	0, 9	-0, 9	0, 9		-0, 98		0, 98	-0, 75	0, 98
Pseudomonas	monteilli		0, 99	-1	-0, 9	0, 9	-0, 9	-0, 9	-0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	-0, 9	-0, 9	-0, 9	-0, 9					-0, 9	0, 9	-1	-0, 9	0, 9	0, 9	-0, 9	-1			0, 9	0, 9	0, 9					1	0, 9

Métabolisme

Toutes les espèces possèdent une oxydase.

La dégradation du glucose s'effectue par la voie d'Entner-Doudoroff, cette propriété est mise en évidence sur milieu Hugh-Leifson. Ils possèdent souvent une arginine dihydrolase donnant la possibilité la dégradation de l'arginine en anaérobiose.

Certaines espèces peuvent extraire l'oxygène libéré par la réduction des nitrates en azote, et ainsi croître en anaérobiose ; on parle alors de "Respiration nitrate".

Production de pigments

De nombreux représentants de ce genre produisent un pigment. Voici ceux utilisés pour l'identification :

• La pyocyanine, pigment bleu - vert phénazinique, il est soluble dans le chloroforme et l'eau et est spécifique de P. æruginosa.

• La pyoverdine, vert fluorescent, soluble dans l'eau synthétisé par les Pseudomonas du groupe fluorescent.

Espèces appartenant au genre Pseudomonas

Pseudomonas abietaniphila Pseudomonas æruginosa Pseudomonas agarici Pseudomonas alcaligenes Pseudomonas alcaliphila Pseudomonas amygdali Pseudomonas anguilliseptica Pseudomonas antarctica Pseudomonas argentinensis Pseudomonas asplenii Pseudomonas aurantiaca Pseudomonas avellanæ Pseudomonas azotifigens Pseudomonas azotoformans Pseudomonas balearica Pseudomonas beijerinckii Pseudomonas beteli Pseudomonas boreopolis Pseudomonas brassicacearum Pseudomonas brenneri Pseudomonas cannabina Pseudomonas carboxydohydrogena Pseudomonas caricapapayæ Pseudomonas cedrina Pseudomonas cichorii Pseudomonas cissicola Pseudomonas citronellolis

Pseudomonas congelans Pseudomonas corrugata Pseudomonas costantinii Pseudomonas cremoricolorata Pseudomonas extremorientalis Pseudomonas ficuserectæ Pseudomonas flavescens Pseudomonas flectens Pseudomonas fluorescens Pseudomonas fragi Pseudomonas frederiksbergensis Pseudomonas fulva Pseudomonas fuscovaginæ Pseudomonas gelidicola Pseudomonas geniculata Pseudomonas gessardii Pseudomonas graminis Pseudomonas grimontii Pseudomonas halodenitrificans Pseudomonas halophila Pseudomonas hibiscicola Pseudomonas indica Pseudomonas jessenii Pseudomonas jinjuensis Pseudomonas kilonensis Pseudomonas koreensis Pseudomonas libanensis

Pseudomonas lini Pseudomonas lundensis Pseudomonas lutea Pseudomonas luteola Pseudomonas mandelii Pseudomonas marginalis Pseudomonas mediterranea Pseudomonas meliæ Pseudomonas mendocina Pseudomonas mephitica Pseudomonas meridiana Pseudomonas migulæ Pseudomonas monteilii Pseudomonas mosselii Pseudomonas mucidolens Pseudomonas multiresinivorans Pseudomonas nitroreducens Pseudomonas oleovoran Pseudomonas orientalis Pseudomonas oryzihabitans Pseudomonas otitidis Pseudomonas pachastrellæ Pseudomonas palleroniana Pseudomonas panacis Pseudomonas parafulva Pseudomonas pertucinogena Pseudomonas pictorum

Pseudomonas plecoglossicida Pseudomonas poæ Pseudomonas proteolytica Pseudomonas pseudoalcaligenes Pseudomonas psychrophila Pseudomonas psychrotolerans Pseudomonas putida Pseudomonas resinovorans Pseudomonas rhizosphæræ Pseudomonas rhodesiæ Pseudomonas salomonii Pseudomonas savastanoi Pseudomonas straminea Pseudomonas stutzeri Pseudomonas synxantha Pseudomonas syringæ Pseudomonas tætrolens Pseudomonas thermotolerans Pseudomonas thivervalensis Pseudomonas tolaasii Pseudomonas tremæ Pseudomonas trivialis Pseudomonas umsongensis Pseudomonas vancouverensis Pseudomonas veronii Pseudomonas viridiflava Pseudomonas xanthomarina

Liste des espèces qui devraient être exclues du genre Pseudomonas :

Pseudomonas beijerinckii Pseudomonas beteli Pseudomonas boreopolis

Pseudomonas carboxydohydrogena Pseudomonas chlororaphis Pseudomonas cissicola

Pseudomonas flectens Pseudomonas geniculata Pseudomonas halophila

Pseudomonas hibiscicola Pseudomonas mephitica Pseudomonas pictorum

Liens externes

• (fr) L P S N
• (fr) Thèse Diversité fonctionnelle des Pseudomonas producteurs d'antibiotiques dans les rhizosphères de conifères en pépinières et en milieu naturel, par Mathieu Allaire, mai 2005.
• (en) http ://www. genome. jp/kegg-bin/KEGG_Genome_map_top. pl?org_id=pæ Génome de Pseudomonas æruginosa PAO1 (pointer sur la barre grise) ]

Littérature :

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