Bactériologie médicale

Branche de la Biologie médicale qui consiste en l'analyse de divers liquides biologiques dans l'objectif d'isoler et/ou de caractériser une ou des bactéries pouvant être responsables de la pathologie suspectée avec techniques directes ou indirectes.

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Bactériologie - Biologie médicale

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Tableau n °I : Répartition selon les germes retrouvés. Les germes gram négatif étaient plus souvent retrouvés dans les infections urinaires néonatales.... (source : indexmedicus.afro.who)
Cours de Bactériologie Médicale. BACILLES À GRAM -NÉGATIF NON FERMENTAIRES OPPORTUNISTES :.... urines (16%). Les diverses voies ou circonstances d'infection sont ... Au sein des bacilles à Gram -négatif, celui des germes non fermentaires... (source : microbe-edu)
foyer, du sérum et des urines pour y rechercher les polysaccharides pneumococciques..... D'autres germes, à Gram positifs (staphylocoques) ou à Gram négatifs... L. et VÉRON M. (Eds. ) Bactériologie Médicale. Flammarion... (source : books.google)

Branche de la Biologie médicale qui consiste en l'analyse de divers liquides biologiques (quelquefois de tissus) dans l'objectif d'isoler et/ou de caractériser une ou des bactéries pouvant être responsables de la pathologie suspectée avec techniques directes ou indirectes. Selon la bactérie suspectée, un ou des prélèvements spécifiques devront être réalisés dans l'objectif d'isoler au mieux cette bactérie et ainsi de poser un diagnostic le plus fiable envisageable et , après la réalisation ou non d'un antibiogramme, de traiter au mieux la pathologie génèrée par des antibiotiques. Chaque résultat devra être contrôlé et si envisageable interprété par un Biologiste médical.

Préalables indispensables

Le pouvoir pathogène d'un germe est quelque chose de relatif dépendant évidemment de la bactérie elle-même, mais également, du produit à partir duquel elle a été isolée, en quelle quantité et de l'état du porteur aussi (la personne chez laquelle on a isolé cette bactérie).

S'il existe des germes particulièrement pathogènes, on rencontre aussi énormément de germes saprophytes ou commensaux normalement non pathogènes mais qui peuvent le devenir occasionnellementou dans certaines circonstances.

On peut distinguer les produits fermés des produits ouverts. Un germe isolé d'un produit fermé c'est-à-dire profond doit être reconnu comme pathogène dans la mesure où le produit en question est normalement stérile. Mais il y a une grosse restriction : les souillures. Dans un produit ouvert hébergeant une flore commensale normale, des germes particulièrement pathogènes ne posent pas de problème (p. ex. Salmonella Tiphy, Shigella... ) mais des germes opportunistes posent un problème bien plus délicat : dans ce cas le nombre de germes est important. C'est pour cette raison qu'on utilise des méthodes quantitatives ou semi-quantitatives occasionnellemen.

Un sujet peut être porteur sain d'un germe pathogène c'est-à-dire qu'il ne développe aucune maladie suite à ce germe. Il peut, par contre, contaminer une partie de son entourage (famille, amis, collègues de travail... )

Coques Gram Positifs

Coques Gram négatifs ou Neisserias

Neisseria meningitidis ou méningocoques
Neisseria gonorrhææ ou gonocoques

Bacille Gram Positif sporulé aérobie

Bacillus anthracis, responsable du "Charbon"

Bacille Gram Positif sporulé anaérobie ou Clostridium

Clostridium botulinum, responsable du botulisme
Clostridium tetani, responsable du tétanos
Gangrène gazeuse due à différents clostridium, mais en particulier le clostridium perfringens dans 95 % des cas.

Bacilles gram négatifs anaérobies

Parvobactéries

¨Legionella

Les Vibrions

Les Spirochètes

Tréponème de la syphilis
Tréponème du pian
Borrelia
Leptospire ictéro-hémorragique

Les rickettsia

Microorganismes jadis classés parmi les rickettsies

Choix du milieu

A) Produits ouverts

Les milieux liquides sont à priori à proscrire car ils faussent totalement la notion numérique (il faut essayer de respecter la proportion des germes). Occasionnellemen cependant, on utilise un milieu liquide car un germe peut pousser dans un milieu liquide tandis qu'il ne pousserait sur un milieu solide. On utilise aussi des milieux liquides comme milieu d'enrichissement quand on recherche un germe bien spécifique (p. ex. salmonella).

Dans la majorité des cas, il faut faire un isolement : ensemencement sur boîte de pétri = technique habituelle.

B) Produits de cavités fermées

Il faut s'adresser aussi à un milieu liquide donnant la possibilité un ensemencement bien plus massif (si le produit contient peu de germes) ; d'autre part, on s'attend normalement à une culture mono-microbienne. Un très bel exemple est celui de l'hémoculture où on ensemence 10 à 20 cm³ de sang.

Urines

[[Média : A) L'aspect]] qualitatif joue un rôle particulièrement important en particulier que désormais on évite le prélèvement des urines par sondage. Pour les urines, il existe en effet 3 modes de prélèvement :

sondage : pas de contamination mais risque important d'infections iatrogènes. D'où ce mode de prélèvement est de plus en plus déconseillé.
ponction sus-pubienne : méthode excellente mais elle reste une méthode d'exception
urines émises à la miction après nettoyage soigneux des organes génitaux : c'est la méthode la plus utilisée cependant les germes de souillure sont fréquemment semblables aux germes retrouvés. D'où il faut recourir à la numération pour interpréter la présence du germe identifié.

La règle de Kass est valable à condition de ne pas l'appliquer sans nuance :

moins de 10 000 germes/ml : non pathologique
10 000 - 100 000 germes/ml : discutable
plus de 100 000 germes/ml : infection ou menace d'infection urinaire

B) Nature des germes

1) Germes intestinaux

Entérobactéries - entérocoques - streptocoque B = germes d'origine basse responsables d'infections ascendantes (cystite puis pyélite).

2) Germes d'origine hématogène

Ex. Staphylocoques responsables d'infection descendante.

3) Germes opportunistes chez des opérés, des personnes porteuses d'une sonde à demeure...

Ex. Pseudomonas et dans certains cas d'autres germes non fermentants.

4) Une pyurie doit toujours nous forcer à admettre qu'il y a infection. Si, lors d'une pyurie, on ne retrouve pas de germe après l'examen bactériologique normal, il faut totalement faire une recherche de bk par la coloration de Ziehl même si le clinicien ne le demande pas : on peut ainsi détecter une tuberculose rénale.

C) Schéma d'examen bactériologique des urines en routine

1) Examen direct sur urine non centrifugée

Cet examen donne une appréciation quantitative et sert à voir si le germe est gram + ou gram -. Attention : dans l'urine, les gram - se décolorent mal en particulier s'il y a trop d'urines ---> gram effectué à partir d'une anse et non d'une pipette.

2) Mise en culture

Il s'agit d'un schéma choisi parmi d'autres. Doù ce n'est pas l'unique valable.

a) Gélose lactosée au pourpre de bromocrésol (BCP).

Le BCP est un des seuls milieux ne contenant pas de NaCl. D'ou on bénéficie d'une inhibition relative du proteus pour ne pas avoir un envahissement de la gélose par ce germe. Le bromocrésol sert à faire la distinction entre germes lactose + ou lactose - (cela oriente déjà un petit peu pour les entérobactéries. L'ensemencement se fait de manière quantitative par le procédé Dip-slide intérressanr pour le médecin généraliste : c'est un flacon contenant une lame porte-objet dont les 2 faces sont recouvertes de milieux de culture gélosés différents : l'un est sélectif, l'autre pas. Ce procédé évite le transport de l'échantillon et préserve la notion quantitative.

b) Milieu de Mac Conkey (MC)

Le MC est un milieu sélectif laissant pousser seulement les gram - : colonies rouges = lactose + ; colonies incolores = lactose - ; à partir de chaque type de colonies, on réalisera une galerie d'identification.

c) Antibiogramme direct

L'urine est un des rares produits se prêtant bien à un antibiogramme direct. Qui plus est , l'antibiogramme forme un milieu supplémentaire et il peut apporter quelques renseignements pour l'identification. (p. ex. un germe lactose - résistant aux tétracyclines, à la colimycine ainsi qu'à la furadantine est un proteus ; un germe lactose +, muqueux, résistant à l'ampicilline est une klebsiella.

Pour l'ensemencement, il faut se baser sur l'examen direct :

si l'urine est claire et ne montre que quelques germe à l'examen direct, on ne fera pas d'antibiogramme direct
il faut un ensemencement + ou - standardisé : on dilue au moins une fois par nombre de germes vus par champ à l'examen direct (grossissement = 100). Ainsi, si 50 g. /champ, on diluera l'urine 50 ou même 100 fois.

Examen bactériologique le plus décevant et le plus complexe

Dans de nombreux cas, on ne trouve rien au point de vue bactériologique ou bien on trouve un germe n'ayant pas de signification. S'il y a réellement une infection pulmonaire, on peut envisager que l'agent responsable est :
- un virus,
- un mycoplasme
- un germe profond qu'on ne parvient pas à mettre en évidence
Comme les expectorations passent par la bouche, on retrouve fréquemment des contaminations buccales. La présence d'un germe peut avoir une signification toute différente selon qu'il se trouve dans la bouche ou dans le tractus pulmonaire. Exemple typique : le Pseudomonas æruginosa (pyocyanique) est normal dans la bouche (il provient de la nourriture) mais anormal dans le tractus respiratoire.