Nomenclature bactérienne

La nomenclature bactérienne est la discipline qui établit les règles d'un langage mondial servant à désigner par un même nom, des bactéries semblables dans n'importe quelle région du monde.

Comme dans les autres disciplines des sciences du vivant (botanique, zoologie…), la nomenclature des bactéries est binomiale. Elle est réglementée par le Code Mondial de la Nomenclature Bactérienne^[1] (version anglaise accessible en ligne), et dont la revue officielle est l'Mondial Journal for Systematic Bacteriology.

Obligation des noms scientifiques

L'usage du nom binomial correct désigne un taxon sans être obligé de décrire tous ses caractères, ainsi qu'à l'ensemble des spécialistes d'une même discipline de se comprendre sans ambiguïté. A titre d'exemple, le simple fait de rapporter une souche bactérienne à la famille des Enterobacteriaceæ indiquera à tout bactériologiste que cette souche réunit des bactéries à Gram négatif, en majorité non sporulées, aéro-anaérobies, etc.. En bactériologie médicale, il est indispensable que la totalité des spécialistes concernés (épidémiologistes, chercheurs, cliniciens, fabricants de vaccins, etc. ) utilisent une nomenclature commune pour pouvoir participer efficacement.

Qui plus est , chaque langue nationale utilise de nombreux synonymes vernaculaires (non officiels) pour désigner une espèce bactérienne. Si certains noms conservent une valeur historique («bacille de Koch» pour Mycobacterium tuberculosis, par exemple), d'autres sont source de confusions. Ainsi, le «vibrion septique» évoque le genre Vibrio, tandis qu'il appartient aux Clostridium. Enfin, de tels noms n'étant compris que par certains francophones uniquement, il est indispensable de recourir aux noms scientifiques internationaux.

Règles de priorité

Les règles de priorité sont les mêmes que pour les autres disciplines : quand deux espèces bactériennes sont regroupées dans un même genre, ou deux genres dans une même famille, selon de nouveaux critères, la règle d'antériorité de publication des noms de taxons prévaut pour désigner ce genre ou cette famille.

Depuis le 1^er Janvier 1980, la priorité est établie par la Approved Lists of Bacterial Names^[2], régulièrement mise à jour dans Mondial Journal of Systematic and Evolutionnary Microbiology (IJSEM) . Elle est accessible en ligne sur le site de Jean Euzéby sur la nomenclature bactérienne, régulièrement mis à jour.

Rangs taxinomiques et abréviations

Comme en botanique ou en mycologie :

• le rang de sous-espèce est admis et noté subsp. (subspecies) suivi du nom latin en italiques (ou souligné).
• l'appartenance d'une souche isolée à un genre, sans précision de l'espèce, est notée du nom du genre suivi de sp. (species) tant que l'isolat n'est pas identifié à une espèce.
• Pour désigner l'ensemble des espèces d'un genre, on fait suivre le nom du genre de spp.

Voir aussi la page Taxinomie (bactériologie)

Mentions sans valeur nomenclaturale

Par contre, la subdivision d'espèces ou de sous-espèces en Biovars (ou biotypes), Sérovars (sérotypes), Lysovars (lysotypes) et en Pathovars (ou pathotypes), le plus souvent rédigé avec une majuscule d'origine, ne forment pas des noms scientifiques mais des références pratiques ou des critères pathologiques, géographiques, etc.

Ainsi, «Pasteurella multocida subsp multocida sérotype D toxinogène» signifiera que la souche identifiée (associée à la rhinite atrophique du porcelet) appartient :

• au genre Pasteurella (selon des critères morphologiques, tests, etc.. )
• à l'espèce multocida (selon des critères biochimiques, biotypie etc. )
• à la sous-espèce multocida (mêmes critères)
• au sérogroupe capsulaire D (mise en évidence par sérotypie)
• qu'il produit une dermo-nécro-toxine (mise en évidence par pathotypie).

Conditions de validité des taxons

Pour que la description princeps soit valide, l'espèce bactérienne doit être :

• isolée et cultivée (sauf quelques exceptions)
• bien caractérisée sur le plan phénotypique
• identifiée par la culture d'une souche type, les autres souches présentant une grande similarité de génome (démontrée par des courbes de dénaturation-renaturation de leur ADN avec celui de la souche type)
• son phénotype doit présenter au moins une différence avec une espèce déjà décrite
• son binôme doit respecter la syntaxe latine et avoir été accepté par le comité homologué par l'Mondial Code of Nomenclature of Bacteria (sauf si la publication est faite dans l'IJSEM)
• Des sous-espèces peuvent être décrites si le pourcentage de similarité de génome est à limite ou si le phénotype est particulièrement différent.
• Chaque genre bactérien doit aussi être identifié à une souche type du genre.

Conditions de publication

• Pour être valide et officiel, le nom d'une nouvelle espèce doit être publié dans un journal, sous forme d'un article décrivant l'espèce.
• Pour être légitime, la description doit être complète et respecter les règles établies.
• L'espèce ne doit pas avoir été déjà décrite.

Citation d'auteurs

Voir la page : La Citation d'auteurs en bactériologie

Voir aussi

Nomenclature (biologie) Nomenclature (botanique) Nomenclature (zoologie) Taxinomie

nom binomial Systématique Code mondial de nomenclature botanique Code mondial de nomenclature zoologique Classification des virus

Notes et références

Euzéby, J. P. — Corrigenda to the Approved Lists of Bacterial Names and to the amended edition of the Approved Lists of Bacterial Names. Int. J. Syst. Bacteriol., 1997, 47, 1271-1272.

Euzéby, J. P. & Tinall, B. J. — Necessary corrections to the Approved Lists of Bacterial Names according to Rule 40d (formerly Rule 46). Request for an Opinion. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 2321-2322.

Skerman, P. H. A. — Preface. In : V. B. D. Skerman, V. McGowan and P. H. A. Sneath, Approved Lists of Bacterial Names. Amended edition. American Society for Microbiology, Washington, 1989.

Sneath, P. H. A. & Brenner, D. J. — "Official" nomenclature lists. ASM News, 1992, 58, 175.

Mayo, M. A. & Horzinek, M. — Mondial Code of Virus Classification and Nomenclature (1998, revised version)

Liens externes

• [Site de Jean Euzéby sur la nomenclature bactérienne (fr) (en)
• Société de Bactériologie Systématique et Vétérinaire (fr)
• Histoire de l'ICNB (en)
• Les erreurs d'interpretation du Code (en)
• Liste de noms bactériens (en)
• List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature (en)
• Naming bacterial species (en) et sa traduction française, sur le site de l'Université de Nice (fr)
• Fichier pdf, Université de Liège (fr)
• Code Mondial de Nomenclature Zoologique (4e edition (en)

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